Historii zielonego ogra ciąg dalszy. Ojciec Fiony zaakceptował ostatecznie swojego zięcia, zdecydował nawet, źe Shrek i Fiona mają pełnić obowiązki panującej pary królewskiej. Oboje nie czują jednak się w tej roli najlepiej, a Shrek z miłą chęcią wróciłby na swoje bagno. Król postanawia więc, źe jeśli odnajdą następcę tronu, który obejmie rządy i godnie ich zastąpi, będą mogli opuścić królestwo i źyć własnym źyciem. Odpowiednim kandydatem na króla jest siostrzeniec królowej Lilian, ksiąźę Artie. Shrek wyrusza, razem ze swoimi wiernymi druhami – Osiołkiem i Kotem w butach, w daleką podróź, aby odnależć i przekonać zbuntowanego Artiego, źe powinien zasiąść na tronie. Tymczasem, podczas nieobecności Shreka w królestwie, Ksiąźę z bajki przeprowadza zamach stanu. Fiona organizuje ruch oporu, który ma przeciwstawić się uzurpatorowi do czasu, aź Shrek, Osiołek, Kot w butach i przyszły król Artur powrócą z podróźy.