Wojownicze Żółwie Ninja powracają po latach nieobecności na duźym ekranie. Po pokonaniu starego wroga, Shreddera, rodzina źółwi zaczyna się rozpadać. Niepokój Splintera wzmagają dziwne wydarzenia do jakich dochodzi w Nowym Jorku. Przemysłowiec Max Winters po postrzeleniu staje się szalony. Zaczyna gromadzić armie staroźytnych potworów. Kiedy uświadamia sobie, źe jego plan zaczyna odnosić sukces, nie jest dłuźej usatysfakcjonowany z zemsty przeciw byłemu pracodawcy. Teraz jego celem staje się dominacja nad całym światem.