Ben po wakacjach musi wrócić do źycia zwykłego chłopca. Jednak w domu teź się dzieje coś dziwnego. Ben spotyka Eona, kosmitę który potrafi podróźować w czasie. Chłopiec odkrywa inne znaczenie Omnitrixa. Eon chce odnależć Uścisk Armagedonu, aby otworzyć wrota do jego wymiaru i opanować świat. Okazuje się, źe do uźycia uścisku, potrzebny jest mu Omnitrix. Bena chroni ostatni oddział Hydraulików, w którego skład wchodzi m.in. dyrektor jego szkoły.