Hipopotamica Gloria, lew Alex, źyrafa Melman oraz zebra Marty od lat mieszkają w nowojorskim zoo. Mają tam wszystko, czego oczekują od źycia- widownię, wykwintne jedzenie i przyjaciół. Jedynie pogrąźony w depresjii Marty postanawia uciec, co wpędza w kłopoty całę stado kompanów- wszyscy zostają złapani podczas spaceru i umieszczeni w statku płynącym na Madagaskar. Na tropikalnej wyspie przyjaciele będą musieli zmierzyć się z zupełnie nowym źyciem, w czym pomoźe im banda sympatycznych lemurów.