Po wynalezieniu kontrowersyjnego lekarstwa, po raz pierwszy mutanty stają przed wyborem: zachować swą unikalność, co oznacza skazanie się na wieczną izolację i alienację, czy teź wyrzec się pozyskanej w wyniku mutacji mocy. Przeciwstawne punkty widzenia przywódców mutantów – Charlesa Xaviera (Patrick Stewart), nauczającego tolerancji i Magneto (Ian Mckellen), który wierzy w przetrwanie najsilniejszych, zostają poddane ostatecznej próbie – dochodzi do wojny, która ma rozstrzygnąć wszelkie spory.